『SHUFFLE！』の時代からしばしの時が流れた。

美少女だけどポンコツなお姉ちゃんの世話をしつつ、
周囲の女生徒たちからも一目置かれている主人公「相生頼斗」。

聞くところによれば、世界は一度、崩壊寸前の危機を迎えたらしいが、
そんな過去はすでに忘れ去られてしまったかのように平和な日常が続いている。

神族・魔族といった異世界の文化とも交流が進み、それが当たり前になって世界は退屈を取り戻した。
そんな退屈がずっと続くものだと思っていた。
そこに突然、神界と魔界のプリンセスが現れる。

「私は人間というものと決別するためにここにやってきたのです」

「貴方のお命、頂戴しますわ」

前作をある程度踏襲する導入から一転、主人公は美少女たちから狙われる存在に…。
しかし、それも実は（やはり？）ヒロインたちの恋心あってのこと。
徐々に彼女たちの心に隠されたものが見えてくることに。

ある日を境に、主人公は「神にも悪魔にも狙われている男」と呼ばれるようになってしまった。
彼は退屈な日常を取り戻すことができるのか？
主人公とヒロインたちの新しい夏が始まる。

退屈な日々よ、ワンスモア！